Ancora una volta a bordo della surprise, il comandante aubrey e il dottor maturin fanno vela verso il perù: stephen, come agente segreto, è incaricato di sobillare i fermenti rivoluzionari che percorrono il sudamerica, poiché un'insurrezione indipendentista gioverebbe alla gran bretagna impegnata militarmente contro gli stati uniti. Il viaggio per maturin ha anche un interesse naturalistico, perché nel toccare terre lontane e affascinanti gli permetterà anche di visitare le ande. La missione prende però una piega imprevista e, lasciato il sudamerica, aubrey insegue tre mercantili statunitensi nei mari tempestosi a sud di capo horn, dove dovrà cercare di salvare la sua nave da una fregata americana, ma anche da iceberg e fulmini.
Dopo aver contribuito al fallimento dello sbarco francese in irlanda, jack aubrey e stephen maturin sono a terra, in attesa di un nuovo imbarco. Ne approfittano entrambi per occuparsi di varie questioni pratiche rimaste in sospeso. Stephen maturin si reca in spagna per riprendere la figlia, nonché il suo patrimonio depositato in una banca della galizia. In spagna sfugge per un pelo all'arresto e alla confisca dei beni da parte del governo spagnolo, informato dei suoi maneggi per favorire l'insurrezione in perù. Jack aubrey da parte sua ha notevoli problemi economici e deve vivere nella dimora ereditata dal padre a woolcombe, affittando la casa di ashgrove. Nelle terre paterne si trova anche un vasto terreno comune che il capitano griffiths, nipote dell'ammiraglio dal quale jack dipende, e l'ammiraglio stesso, vorrebbero recintare e privatizzare: è la spinosa questione delle encloseurs. Jack è contrario e sta dalla parte degli abitanti, guadagnandosi l'ostilità dell'ammiraglio. Per jack le probabilità di essere fatto alla prossima promozione ammiraglio della 'squadra gialla' (cioè ammiraglio solo di nome, una vera onta per un marinaio come lui) sono altissime. Anche sul piano della vita privata la situazione è difficile, visto che tra jack e sua moglie sophie interviene la suocera a mettere zizzania.
Stephen maturin viene a sapere che un eminente catalano, inviato dai servizi segreti inglesi nel mar baltico, è morto in un naufragio. Costui avrebbe dovuto raggiungere le truppe catalane che occupavano un'isola per conto dei francesi e convincerle a cedere l'avamposto agli inglesi. Stephen sa che adesso tocca a lui portare a termine quella missione e propone l'impresa al fidato aubrey. I due riescono nell'intento, ma sulla via del ritorno, durante una violentissima burrasca, dopo un epico scontro con un vascello francese, la loro goletta naufraga sulle coste della bretagna e tutto l'equipaggio viene catturato. Stephen e jack vengono condotti prigionieri a parigi e rinchiusi nella tetra prigione del tempio in attesa di essere giustiziati.
Dopo il naufragio su un'isola del mar cinese meridionale e un terribile attacco dei pirati malesi, il capitano jack aubrey e l'amico stephen maturin riescono a raggiungere batavia. Al comando di un nuovo vascello, aubrey può proseguire la sua missione contro la nave francese 'cornélie' e, soprattutto, ritrovare il veliero da guerra 'surprise' sul quale proseguirà con maturin il viaggio fino al nuovo galles del sud. Qui saranno testimoni degli orrori della famigerata colonia penale di botany bay e dovranno affrontare un ambiente squallido e ostile.
A jack aubrey è affidato il comando della fregata surprise per inseguire la norfolk, una nave americana che veleggia nei mari del sud e minaccia le baleniere inglesi. La caccia alla preda si rivelerà irta di pericoli ed estenuante, porterà aubrey e il suo equipaggio dapprima a doppiare il mitico ma miciadiale capo horn, poi alle misteriose ma affascinanti gàlapagos e, infine, tra calme piatte e vicissitudini d'ogni tipo, al remoto arcipelago delle marchesi, nel bel mezzo del pacifico, in un viaggio davvero ai confini del mare.
Per jack aubrey, capitano di fregata della royal navy nei primi anni dell'ottocento, la vera dimensione della vita è sul mare. Lo sa bene anche il suo amico stephen maturin, medico di bordo, marinaio per caso e suo malgrado, che ha condiviso con lui ogni avventura. I due, ora che aubrey è privo di un comando, affittano una residenza nel sussex, dove vivono come tranquilli gentiluomini, tra una caccia alla volpe e una serata musicale. E se la terraferma presenta insidie non meno temibili di quelle che si possono incontrare sulle navi, il mare, soprattutto, reclama ben presto i suoi diritti. Dopo una fuga rocambolesca dalla «tranquilla» campagna inglese, aubrey è di nuovo a caccia di gloria, prima a bordo della corvetta polychrest e finalmente al comando della lively, una vera e propria signora degli oceani.
Amici inseparabili, il capitano di fregata jack aubrey e il medico di bordo stephen maturin, privati della loro nave, hanno affittato una piccola residenza nella campagna inglese, dove tra una caccia alla volpe e una serata musicale, si innamorano di due incantevoli fanciulle. Ma il mare reclama i suoi diritti e ben presto i due ufficiali sono richiamati a bordo della lively, signora degli oceani, per affrontare francesi e spagnoli in una memorabile battaglia navale.
La promozione tanto attesa è finalmente arrivata: dopo una vita dedicata al servizio della royal navy in lunghe e rischiose traversate, jack aubrey viene ricompensato con l'insegna di commodoro. Suo primo compito è debellare con un'azione di forza la tratta illegale degli schiavi sulle coste occidentali dell'africa, e in seguito impedire a una flotta francese di rifornire di armi i ribelli d'irlanda. Ma fin dall'inizio insorgono contrattempi e difficoltà che sembrano mettere a repentaglio i tempi della missione, tra i quali hanno un ruolo di primo piano i seri problemi del chirurgo di bordo, stephen maturin. Abbandonato dalla moglie diana, si ritrova solo ad affrontare la grave forma di autismo della figlioletta brigid, quando scopre che contro di lui si sta muovendo un temibile avversario il quale, messo alle strette dalle rivelazioni dello stesso maturin come agente segreto, è pronto a tutto pur di rovinarlo. Costretto a una precipitosa fuga dall'inghilterra, riesce a imbarcarsi per un pelo sulla nave ammiraglia di aubrey, ma la navigazione riserverà ai due amici non poche sorprese, e il neo commodoro imparerà fin troppo presto a conoscere le pene del comando di un'intera squadra navale.
Al comando di una piccola fregata, jack aubrey salpa per una missione verso l'indonesia come sempre in compagnia dell'amico (e agente segreto) stephen maturin. Li attende una delle traversate più difficili della loro carriera: per evitare il capo di buona speranza, in mano al nemico, dovranno veleggiare molto a sud e attendere 'il vento dell'ovest'. Giunti a calcutta tra furiose tempeste e interminabili bonacce, i due amici scopriranno che la loro avventura in realtà deve ancora iniziare.
La vita sulla terraferma annoia in fretta chi come jack aubrey e stephen maturin è amante della navigazione e delle grandi emozioni. È con entusiasmo, quindi, che aubrey accetta il comando della worcester, un vecchio e malandato vascello di linea diretto nel mediterraneo per partecipare al blocco navale di tolone, la roccaforte della flotta napoleonica. Ma una volta nel porto francese, dopo una navigazione monotona, senza occasioni di attacchi e di scontri con navi nemiche, l'azione militare si rivela un'operazione sterile e snervante, tanto che aubrey alla prima occasione si trasferisce sulla piccola e familiare surprise con l'obiettivo di scacciare i francesi da una località costiera sullo ionio.
