Roma, 1604. In un'atmosfera buia dominata dal severo clima della controriforma, sono sempre di più i pittori che affondano le loro immagini in una cornice di oscurità avvolgente. Caravaggio è un artista di punta che utilizza spesso, per i suoi quadri, modelle di estrazione popolare. Un giorno anna bianchini, una prostituta che aveva posato per lui, viene trovata morta nel suo letto dall'amica fillide, altra cortigiana e musa del pittore. Giunto a casa di anna, caravaggio ritrae le due donne un'ultima volta nella 'morte della vergine': anna nella figura della madonna appena deceduta e fillide in quella della maddalena afflitta al suo capezzale. Il quadro, consegnato nel 1606, fa scandalo e viene rifiutato dalla chiesa di santa maria della scala. Ma ormai la vita di tutte le modelle di caravaggio sembra essere a rischio: anche fillide è vittima di un tentato omicidio, e il pittore è preoccupato per la sua compagna lena antognetti, ex prostituta anche lei. Le indagini in corso portano a un funzionario della corte pontificia, il committente della 'morte della vergine', fanatico e rigido moralista. Un uomo che il pittore denuncia ritraendolo in quel quadro, sullo sfondo, e con aria di sfida. Ma quando caravaggio intuisce il vero movente di quei delitti, è costretto a fuggire da roma, senza riuscire a salvare lena, la donna che ama.
Dante è davvero stato ucciso dalla malaria, come tutti a ravenna credono? Oppure qualcuno aveva dei motivi per desiderare la sua morte e la scomparsa di un segreto insieme a lui? Tormentati da questo dubbio, la figlia del poeta, suor beatrice, un ex templare di nome bernard e un medico, giovanni da lucca, iniziano una doppia indagine per fare chiarezza su quanto è accaduto. Cercano con fatica di decifrare un messaggio in codice lasciato da dante su nove fogli di pergamena e intanto si mettono sulle tracce dei suoi presunti assassini, scoprendo che molti nutrivano una profonda avversione per il poeta. Non sarà facile trovare la chiave del segreto occultato nella commedia e scoprire chi voleva impedire al poeta di terminare la sua opera. Ma perché l'alighieri aveva deciso di nascondere con così grande cura gli ultimi tredici canti del paradiso? Teoremi raffinati, intrighi complessi e verità da svelare si celano tra i versi delle tre cantiche, come l'identità del veltro, o l'annuncio dell'arrivo di un misterioso vendicatore. Sullo sfondo storico della crisi politica ed economica del trecento, 'il libro segreto di dante' intreccia vicende reali e personaggi di fantasia, tessendo trame piene di mistero e inquietanti interrogativi.
